La col·lecció d'Algues de l'Herbari compta amb un total de 22.000 espècimens, i inclou una de les col·leccions més importants de macroalgues mediterrànies existent actualment a Europa.

Va ser iniciada al 1978 per Lluís Polo, ficòleg de la Universitat de Girona (antic Col·legi Universitari de Girona), que va contribuir a l'Herbari amb més de 1.000 exemplars d'algues. Posteriorment, la col·lecció d'Algues es va incrementar amb la col·lecció de Conxi Rodríguez-Prieto, conservadora actual de la secció d'algues de l'Herbari, que va aportar més de 10.000 exemplars, i que també va gestionar la digitalització i la informatització dels mateixos.